Валерий Малышев родился 18 декабря 1952 года в селе Тагай, Ульяновская область. Первое образование получил в Ульяновском автомеханическом техникуме. Трудовой путь Малышев начал в 1970 году на Ульяновском автомобильном заводе. В 1972 году призван на срочную службу в ряды Вооруженных Сил и спустя 2 года вернулся на Ульяновский автозавод, где работал техником, а затем инженером военного представительства 1533 МО.
Получил дополнительное образование во Всесоюзном юридическом заочном институте, который успешно окончил в 1979 году получив специальность «юрист».
В 1980 году приступил к работе в должности инспектора Ленинского районного комитета народного контроля города Ульяновска. В последствии Малышев стал инспектором Ульяновского областного комитета народного контроля, где проработал до 1986 года.
С 1986 года в течении двух лет занимал должность инструктора отдела науки и учебных заведений обкома КПСС в Ульяновске. В 1988 году Валерий Васильевич вернулся к исполнению обязанностей в Ульяновском областном комитете народного контроля в качестве инспектора и заведующего орготделом.
В 1990 году Валерий Малышев поступил на службу в прокуратуру Ульяновской области на должность прокурора отдела по надзору за исполнением законов в хозяйственной деятельности, социальной и экологической сферах, вскоре занял должность заместителя начальника отдела.
Спустя десять лет, в 2000 году Валерий Васильевич назначен прокурором Ульяновской области и возглавлял ее 13 лет. В 2013 году ушел в отставку по выслуге лет.
На выборах 8 сентября 2013 года Валерий Васильевич Малышев избран в Законодательное Собрание Ульяновской области пятого созыва по областному избирательному округу от партии «Единая Россия». Валерий Малышев 14 сентября 2013 года избран первым заместителем Председателя Законодательного Собрания Ульяновской области.
Постановлением Законодательного Собрания Валерий Васильевич утвержден председателем комитета по бюджету и экономической политике 21 июля 2016 года.
За плодотворный и добросовестный награжден именным огнестрельным оружием, нагрудными знаками «Почетный работник прокуратуры Российской Федерации» и «За безупречную службу». В 2002 году Указом Президента РФ Валерию Васильевичу Малышеву присвоен классный чин государственный советник юстиции 3 класса.
Валерий Малышев 18 сентября 2018 года на II этапе XXIX региональной конференции партии «Единая Россия» тайным голосованием был избран Председателем Законодательного Собрания Ульяновской области шестого созыва. Его поддержали 102 делегата из 146.